El genoma de la cepa salvadoreña de Helicobacter pylori ELS37

Autora: Maria Teresita Bertoli  de Masferrer

Recientemente Investigadores de la Universidad Dr. José Matías Delgado (UJMD) y Washington University en Saint Louis, Missouri (WUSTL)  hemos  determinado la secuencia completa del genoma de la bacteria patógena gástrica Helicobacter pylori que infectaba un paciente salvadoreño de cáncer gástrico procedente del departamento de Ahuachapán (ELS37). Este es constituye el primer genoma secuenciado de esta bacteria en Centroamérica, y el primer genoma secuenciado de un organismo vivo en El  Salvador y posiciona al país como el tercero en Latinoamérica en tener un privilegio que hasta la fecha solo habían tenido Perú y Venezuela.

Las piezas que conforman el genoma,  se generaron  por una  nueva y poderosa tecnología, que se conoce como pirosecuenciación  o “454”. La compañía MOGene, que se especializa en la secuenciación fue la contratada en esta oportunidad  para la ejecución de esta etapa del proyecto. Posteriormente estas piezas  se ensamblaron  una a una, de la misma forma que se arma un rompecabezas.  Con la ayuda de programas de computación especializados como Geneious, cuya licencia fue donada por la compañía Biomatters de Nueva Zelanda. Los espacios entre las piezas del rompecabezas,  que son conocidos técnicamente como "gaps"  fueron  completados  en el laboratorio del Dr. Berg, de la forma  misma forma mediante la cual se secuenciaban los genomas en el pasado y que  es conocida como secuenciación de “Sanger”. Este paso permitió completar el 100 % de la secuencia del genoma.

 

Las secuencias ahora ordenadas en un genoma de  aproximadamente 1.7 millones de bases, de forma circular han sido depositadas en una base de datos pública, en la Biblioteca de Nacional de Medicina y el Centro Nacional de Biotecnología  de los Estados Unidos (NLM y NCBI) con la idea de que su disponibilidad contribuya a los esfuerzos realizados en diversas partes del mundo encaminados a entender y combatir las enfermedades infecciosas y también el cáncer gástrico, una de las consecuencias de esta infección y mejorar la Salud pública en  El Salvador, América Latina y el mundo.

Este logro es el resultado de investigaciones colaborativas que ya llevan más de diez años entre investigadores de los Estados Unidos y El Salvador en las Escuelas de Medicina  de WUSTL y la UJMD (y la colaboración de médicos del servicio de gastroenterología del Hospital Nacional Rosales (HNSR).  Los investigadores de WUSTL, cuya ayuda ha sido invaluable en la obtención de este logro,  son el Profesor Douglas E. Berg y la Dra. Dangeruta Kersulyte,  el principal colaborador en el  HNSR ha sido el Dr. Mario Alberto Pascacio y en la UJMD la Licda. María Teresita Bertoli de Masferrer, Investigadora y primera autora del proyecto.

Esta bacteria fue descubierta hace apenas 30 años y desde este momento ha sido el foco de atención en materia de investigación de cientos de grupos de investigación en el mundo. Su descubrimiento  por  Barry Marshall y Robin Warren en  Perth Western, en  Australia,  los hizo acreedores  del prestigioso  “Premio Nobel  en Fisiología o Medicina" en el  año 2005. Este microbio, que se conoce ahora, que coloniza el estómago y el duodeno (la parte del intestino mas cercana al estómago) de una gran parte de la población salvadoreña y de más de la mitad de la población mundial es muy importante desde el punto de vista médico. La bacteria es  responsable de la mayor parte de las úlceras gástricas y del cáncer de estómago (uno de los tipos de cáncer más frecuentes y  letales en El Salvador y en la población mundial), de las ulceras duodenales, y de la anemia por deficiencia de hierro e incrementa la susceptibilidad a otros  microbios patógenos causantes de diarrea, incluyendo a la bacteria causante del cólera. A pesar de su rol importante en estas patologías, muchas infecciones son benignas y en algunos casos hasta se ha argumentado que es beneficiosa aunque esta última opinión se mantiene aún de forma controversial.

Barry Marshall y Robin Warren descubrieron la bacteria hace 30 años.

Esta especie bacteriana es genéticamente muy variable. En pocas palabras esto significa que las bacterias que se asilan del estómago  de personas que no conviven juntas son distinguibles una de otras por secuenciación de uno o pocos genes o por estudios de huella genética. Esta enorme diversidad   contrasta con gran uniformidad de otras bacterias como por ejemplo Vibrio cholerae que anualmente causa cientos de muertes por Cólera en el mundo y que ha aparecido nuevamente en la región después del terremoto de Haití.

La infección típicamente comienza en edades tempranas durante la niñez y puede durar toda la vida  si no se recibe un tratamiento. Desafortunadamente, el tratamiento es complicado  en  nuestro medio por el fenómeno de resistencia a  uno de los mejores antibióticos que es el metronidazol, lo cual es común en las bacterias salvadoreñas, o por el elevado costo de los otros  componentes de dicho tratamiento.  Adicionalmente condiciones como la pobre calidad del agua de consumo humano o los malos  hábitos de higiénicos tiene como consecuencia que las personas tratadas se re infecten  con nuevas cepas

El análisis de genomas completos de cepas de distintas regiones del mundo y asociadas  a distintas patologías permitirá a la comunidad científica el diseño de nuevos experimentos encaminados a discernir los mecanismos que conllevan  en los seres humanos al desarrollo o no de patologías, así como al desarrollo de nuevos procedimientos diagnósticos y tratamientos más efectivos. El genoma de H.pylori  HP ELS37  es particularmente importante por tratarse de una cepa aislada de un paciente con cáncer gástrico, una patología crónica con tasas de incidencia muy elevadas en la región centroamericana.  

 Adicionalmente desde la perspectiva antropológica es potencialmente interesante ya que las variaciones genéticas de esta bacteria en distintas poblaciones, han sido utilizadas para obtener nuevas evidencias de la evolución de los seres humanos y los movimientos migratorios  a lo largo de la historia de la humanidad.  Una inspección preliminar del genoma de la cepa salvadoreña sugiere la presencia de genes de origen africano, amerindio y europeo. 

La terminación de la secuenciación de este genoma de Helicobacter pylori  es un tributo al poder de la colaboración científica internacional promovida en igualdad por Washington University en San Luis, MO y la  UJMD sin importar las diferencias de latitudes geográficas. Los costos de este proyecto pionero han sido apartados por los Institutos de Salud (NIH) de los Estados Unidos y la UJMD. Otras organizaciones  internacionales como la  Sociedad Americana para la Microbiología han hecho también aportes al mantenimiento de esta colaboración científica que ya cumplió su primera década.  

Por último el grupo de investigadores pretende continuar los esfuerzo necesarios para la realización de estudios colaborativos con el objetivo de descifrar una parte importante de la información contenida en este y otros genomas a fin de comprender esta infección bacteriana y sus consecuencias con el objetivo de mejorar la salud humana en El Salvador y a nivel mundial.

El Dr. Berg  y Ma. Teresita  Bertoli durante su vista al XIV Congreso de Medicina de la UJMD, con docentes del Departamento de Microbiología. Mayo 2011 

Mis abuelos indios

Por Carmen Molina Tamacas

Durante las últimas semanas he asistido, por internet, a las magistrales conferencias impartidas por investigadores nacionales y extranjeros realizadas en el ciclo de ponencias de la Academia Salvadoreña de la Historia.

El título del importante ciclo de conferencias de la Academia es “Identidades compartidas. La herencia étnica y cultural en la historia de El Salvador”, y ha explorado desde la demografía en los primeros años de la colonia (Eugenia López Velásquez), las migraciones nahuas (Marlon Escamilla), la religiosidad popular (Antonio García Espada), los ritos religiosos y otros elementos de la herencia africana (Marielba Herrera y Wolfang Effenberger) y aún faltan por desarrollarse otros temas tan apasionantes como las migraciones árabes, chinas, israelíes, vascas y catalanas.

Los Tres Detectives del Espacio, santos populares en El Salvador.

Al escuchar los frutos de las investigaciones realizadas, reflexiono acerca de la tarea pendiente que existe en El Salvador en cuanto al análisis de la etnicidad. No debe de sorprendernos que a estas alturas haya gente que dude respecto a la existencia de pueblos indígenas o, peor aún, que la nieguen. Y más ahora con la explosión del turismo interno, localidades como Ataco son imán para artesanos de todas partes, pero las ventas de artesanías están llenas de productos guatemaltecos mimetizados… Tanto se habla de Ilobasco como el corazón alfarero nacional pero pocos saben que lo que compran es loza traída de Honduras, según descubrió una de mis inquietas exalumnas de las Escuelas de Jóvenes Talentos.

La etnicidad, como lo demuestran los destacados académicos que han presentados sus ponencias, no debe reducirse a algo “pasado” o “extinto”, sino a algo presente, tan presente en nuestra cotidianidad como el lenguaje, la comida y las costumbres, entre otras manifestaciones de nuestra cultura.

Que existan cultos religiosos de origen africano; que hace poquísimo tiempo los dos principales representantes y antagónicos políticos fueran de origen palestino, que las madres sigan poniendo ojos de venado y pulseras rojas a los recién nacidos y que los tamales y las tortillas sean parte de nuestra dieta básica, no es casualidad: nuestro país tiene una riqueza multiétnica que ha pasado inadvertida quizás a propósito, bajo el velo mítico del mestizaje.

De ese cúmulo de conocimientos que re-des-velan los investigadores, a nuestra disposición por medios electrónicos (YouTube), conversaba con mi amiga y colega Marielba Herrera –actualmente enfocada en investigar la herencia africana- sobre las implicaciones del Censo Nacional de Población de 2007, que por primera vez incluyó una pregunta sobre el origen étnico de los hogares salvadoreños.

Antropóloga Marielba Herrera.

Ese censo proporcionó datos sobre las poblaciones indígenas y seguramente eso incidió en algunas de las tímidas políticas gubernamentales instauradas posteriormente a favor de éstas, aunque la muestra de respeto y el reconocimiento de la “existencia” no implicó satisfacer su reclamo histórico por la tenencia de la tierra. Como lo expuso el investigador Effenberger , el censo proporcionó cifras de población ACTUAL de origen africano, pero ¿alguien los ha tomado en cuenta? ¿Y qué decir de las otras poblaciones étnicas como árabes, judíos, alemanes, chinos, catalanes que hay en el país?

Respecto a esta herencia africana que apenas comenzamos a vislumbrar, merece la pena destacar los resultados de la investigación sobre la peligrosa bacteria gástrica Helicobacter pylori, realizado por investigadores salvadoreños de la Universidad “Dr. José Matías Delgado” y colegas de la Washington University de St. Luis Misuri, Estados Unidos.

La microbióloga salvadoreña María Teresita Bertoli encabeza el equipo que logró establecer la secuencia completa del genoma de esta bacteria patógena gástrica, la cual estaría presente en gran parte de la población salvadoreña y en la mitad del mundo y sería responsable de úlceras gástricas y duodenales, cáncer de estómago y anemia.

El estudio realizó comparaciones sobre la fuerza de la bacteria en pacientes tanto en El Salvador como en Costa Rica. La bacteria fue localizada en un paciente originario de Ahuachapán.

“Desde la perspectiva antropológica es potencialmente interesante ya que las variaciones genéticas de esta bacteria en distintas poblaciones, han sido utilizadas para obtener nuevas evidencias de la evolución de los seres humanos y los movimientos migratorios  a lo largo de la historia de la humanidad.  Una inspección preliminar del genoma de la cepa salvadoreña sugiere la presencia de genes de origen africano, amerindio y europeo”, indica en un artículo inédito.

Este tipo de trabajos no sólo nos confirma la mezcla que somos, aquellos “turbios hilos de la sangre” de los que habló Francisco Andrés Escobar.   

Mientras Marielba y Wolfang nos trabajan para revelarnos las manifestaciones religiosas africanas en el oriente del país, María Teresita quiere aportar sus conocimientos para entender y combatir las enfermedades infecciosas y el cáncer gástrico.

“El análisis de genomas completos de cepas de distintas regiones del mundo y asociadas  a distintas patologías permitirá a la comunidad científica el diseño de nuevos experimentos encaminados a discernir los mecanismos que conllevan  en los seres humanos al desarrollo o no de patologías, así como al desarrollo de nuevos procedimientos diagnósticos y tratamientos más efectivos”. Los esfuerzos van encaminados, nada más y nada menos, a mejorar la salud en El Salvador… y en el mundo.

Todas esas inquietudes me asaltan no solo en el intelecto, sino en lo cotidiano, ya que estoy viviendo dos intensas experiencias con la etnicidad.

Vivo en una zona de Brooklyn (Nueva York) donde lo “distinto” es la regla: un área de fundación judía, con una gran tradición constructiva y comercial italiana, ahora convertida en el “tercer Chinatown” y uno de los principales destinos de la diáspora rusa (russian-speaking jewish) que tiene, además, una creciente población guatemalteca originaria de aldeas quichés del altiplano y una fuerza laboral mexicana importante. Eso para “resumirlo” de alguna forma, constituye una experiencia multicultural intensa e inquietante.

¿Cómo vino toda esta gente? ¿cómo es la experiencia post soviética en Estados Unidos? ¿por qué los chinos se afanan recolectando cada lata y cada botella para no perder fracciones de centavos en las máquinas del reciclaje? ¿cómo es la intimidad de los hogares judíos ortodoxos, sunitas o chiítas ubicados en mi mismo vecindario?

Hasta aquí no he hablado nada de “Mis abuelos indios”, o el pretexto para escribir este texto. Y es porque de eso se trata la segunda e intensa experiencia étnica que de mi vida: la construcción de mi árbol genealógico.

Todo comenzó hace 5 años, en la materia de Parentesco y Estructura Social que impartía Lorena Cuerno a los estudiantes que estábamos próximos a egresar de Antropología de la Universidad Tecnológica. Y fue fácil debido a la cercanía con mis familias materna y paterna. Pero apenas abarqué unas cuatro generaciones. Con el nacimiento de mi hija sentí que debía ampliar la búsqueda hacia su familia paterna y saber más de la mía.

Como cualquier “investigador”, fui esa presencia incómoda, haciendo demasiadas preguntas, y, lo peor, haciendo anotaciones; suplicando por la apertura de gavetas, baúles, álbumes. Con la pena de interrogar a mis mayores obteniendo en el peor de los casos un “ya no me acuerdo”.

El origen étnico estaba presente en las partidad de nacimiento en El Salvador en 1910.

Una certificación de la partida de nacimiento de mi bisabuela paterna, extendida en San Bartolomé Perulapía, Cuscatlán, en 1914, fue toda una revelación para mí: la Mamá Mariana, nacida en 1888, era “india”. Y esta semana, buceando en los archivos compilados por FamilySearch.org –la organización genealógica de la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos días- encontré el registro del hijo de ella, mi abuelo nacido en 1910, otro “indígena”. El registro de nacimiento en 1925 de mi abuela materna, originaria de Suchitoto, Cuscatlán, dice que ella es “ladina”. Y paremos de contar, porque del resto de la parentela no hay más registros alusivos a su origen étnico. Recuerdo que en las Cédulas de Identidad Personal de alguna generación anterior a la mía, todavía aparecía esa categorización, y la más usada: “mestizo”.

¿Cuál era el criterio para asignar una categoría étnica a un recién nacido en esa época? ¿quedaba a discreción del secretario de la municipalidad por simple apreciación? ¿por qué en algunas alcaldías se hacía y en otras no? ¿por qué dejó de usarse? ¿debería seguir siendo usada?

Mis abuelos indios, como los ancestros de muchos salvadoreños, quedaron invisibilizados por el afán homogenizador heredado del etnocidio de 1932, de que aquí todos somos iguales para que nadie se sienta con derecho a pedir cosas que no están en la Constitución (y vaya que nuestra Constitución no está pasando por sus mejores días).

Me duele como siempre  en las conversaciones, comentarios y las redes sociales los insultos y las burlas siempre –siempre- tienen un enfoque étnico y discriminador: el indio, el negro, el cholero, el feo, el grencho, el culero, la marimacha… ¿por qué somos así? ¿la burla y el desprecio serán parte de nuestra identidad?

Hallar el nombre de una tatarabuela perdida en archivos de mediados del siglo XIX –que ya no existen porque la alcaldía de la localidad fue incendiada durante la guerra- de quien casi nadie tenía referencias sino lejanos recuerdos y suposiciones, y los nombres de sus padres, no tiene precio. Pero lejos de saciar mi apetito de información, me abrió más interrogantes. Quizás toda esa información no es útil para nadie más que para mí; pero en honor a la herencia que todos esos abuelitos me transmitieron, seguiré buscándolos… acaso para saber quién soy y de dónde vengo.